AT1G79050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : recA DNA recombination family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
recA DNA recombination family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: DNA repair, SOS response, DNA recombination, DNA metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA recombination/repair protein RecA/RadB, ATP-binding domain (InterPro:IPR020588), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), DNA recombination/repair protein RecA, conserved site (InterPro:IPR020584), DNA recombination and repair protein RecA (InterPro:IPR013765), DNA recombination/repair protein RecA, monomer-monomer interface (InterPro:IPR020587); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: recA DNA recombination family protein (TAIR:AT2G19490.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29737084..29740140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47736.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSQLVLSLK LNPSFTPLSP LFPFTPCSSF SPSLRFSSCY SRRLYSPVTV YAAKKLSHKI SSEFDDRING ALSPDADSRF LDRQKALEAA MNDINSSFGK 101: GSVTRLGSAG GALVETFSSG ILTLDLALGG GLPKGRVVEI YGPESSGKTT LALHAIAEVQ KLGGNAMLVD AEHAFDPAYS KALGVDVENL IVCQPDNGEM 201: ALETADRMCR SGAVDLICVD SVSALTPRAE IEGEIGMQQM GLQARLMSQA LRKMSGNASK AGCTLIFLNQ IRYKIGVYYG NPEVTSGGIA LKFFASVRLE 301: IRSAGKIKSS KGDEDIGLRA RVRVQKSKVS RPYKQAEFEI MFGEGVSKLG CVLDCAEIME VVVKKGSWYS YEDQRLGQGR EKALQHLREN PALQDEIEKK 401: VRLLMLDGEV HRSTPLMSSS SSSASHREEE EEDSLDDFQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)