AT1G68100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ZIP metal ion transporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of IAA-alanine resistance protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IAA-ALANINE RESISTANT 1 (IAR1); FUNCTIONS IN: metal ion transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transmembrane transport, metal ion transport; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc/iron permease (InterPro:IPR003689); Has 3060 Blast hits to 2483 proteins in 472 species: Archae - 4; Bacteria - 929; Metazoa - 1358; Fungi - 209; Plants - 119; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 438 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25521325..25524032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50585.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 469 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFSLRKLLV PILVLVLFLD LCVESGFSQS TPARDDHVHH HGGGCSHSHD HDHDHDHDHH VKKTTAKVEM KLPEELAEEE DMRLCGFGPC LHDHDHESSS 101: TLTGFALWLN ALGCSLLVSL ASLICLVLLP IMFVQGKPSK WFVDSLALFG AGAMLGDAFL HQLPHAFGGG HSHSNDHHEN HDHHDHSHSD SPSHSHSIQD 201: LSVGLSVLAG IVVFLLVEKL VRYVEENSSG SNTWGHHHHH HHAGSKKLKD EGDHNNLDQQ SSSDAIVNSS EKVSGGSTDK SLRKRKTSAS DATDKSDSGT 301: EITSDGKSDK PEQVETRSSS LVFGYLNLFS DGVHNFTDGM ALGSAFLIYG SVGGWSRTMF LLAHELPQEI GDFGILVRSG FTVTKALFFN FLSALVALAG 401: TALVLVWGNE PGQSSLIEGF TAGGFIYIAV AGVLAEMNNS GKSTLKNSAC HLISLILGMS VALCISLIE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)