AT1G61250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : secretory carrier 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative secretory carrier membrane protein (SC3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
secretory carrier 3 (SC3); FUNCTIONS IN: transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein transport; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SCAMP (InterPro:IPR007273); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Secretory carrier membrane protein (SCAMP) family protein (TAIR:AT1G11180.1); Has 696 Blast hits to 694 proteins in 106 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 383; Fungi - 14; Plants - 228; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 71 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22586035..22588664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32614.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANRYDPNPF AEEEEVNPFA NARGVPPASN SRLSPLPPEP VGFDYGRTVD IPLDRAGTQD LKKKEKELQA KEAELKRREQ DLKRKEDAAA RAGIVIEVKN 101: WPPFFPLIHH DIANEIPVHL QRLQYVTFAT YLGLVLCLFW NIIAVTTAWI KGEGVTIWLL ALIYFIAGVP GGYVLWYRPL YRAFRTDSAL SFGWFFLFYM 201: LHIAFCVFAA VAPPVVFKGK SLAGILPAID VLSGQAIVGI FYFIGFAFFC LESVVSIWVI QQVYMYFRGS GKQDQMRREA ARGALRAAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)