AT1G55060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.816 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Ubiquitin-like gene, believed to be a pseudogene because of amino acid substitutions in 3 of the 5 ubiquitin repeats found in the UBQ12 gene product | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin 12 (UBQ12); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyubiquitin 3 (TAIR:AT5G03240.3); Has 19950 Blast hits to 7287 proteins in 722 species: Archae - 0; Bacteria - 57; Metazoa - 9247; Fungi - 2282; Plants - 4139; Viruses - 488; Other Eukaryotes - 3737 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20549533..20550225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25844.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 230 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQIFLKTLTG KTKVLEVESS DTIDNVKAKI QDIEGIPPDQ HRLIFAGKQL EDGRTLADYN VQEDSTLHLL LRFRGGMQIF VKTLTGKTIT LEVESSDTID 101: NLKAKIQDKE GIPPDQQRLI FAGKQLEDGR TLADYNIQKE STLHLVLRLR GGMQIFVKTL TGKTITLEVE SSDTIDNVKA KIQDKEGISP DQQRLIFAGK 201: QHEDGRTLAD YNIQKESTLH LVLRLRGGSF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)