AT1G54990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha/beta-Hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
auxin response mutant (AXR4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUXIN RESISTANT 4 (AXR4); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to auxin stimulus, response to mechanical stimulus, auxin polar transport; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 139 Blast hits to 139 proteins in 43 species: Archae - 0; Bacteria - 61; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 51; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20511565..20513489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52422.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 473 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIITEEEED PKTLNPPKNK PKDSDFTKSE STMKNPKPQS QNPFPFWFYF TVVVSLATII FISLSLFSSQ NDPRSWFLSL PPALRQHYSN GRTIKVQVNS 101: NESPIEVFVA ESGSIHTETV VIVHGLGLSS FAFKEMIQSL GSKGIHSVAI DLPGNGFSDK SMVVIGGDRE IGFVARVKEV YGLIQEKGVF WAFDQMIETG 201: DLPYEEIIKL QNSKRRSFKA IELGSEETAR VLGQVIDTLG LAPVHLVLHD SALGLASNWV SENWQSVRSV TLIDSSISPA LPLWVLNVPG IREILLAFSF 301: GFEKLVSFRC SKEMTLSDID AHRILLKGRN GREAVVASLN KLNHSFDIAQ WGNSDGINGI PMQVIWSSEA SKEWSDEGQR VAKALPKAKF VTHSGSRWPQ 401: ESKSGELADY ISEFVSLLPK SIRRVAEEPI PEEVQKVLEE AKAGDDHDHH HGHGHAHAGY SDAYGLGEEW TTT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)