AT1G50480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 10-formyltetrahydrofolate synthetase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
10-formyltetrahydrofolate synthetase (THFS) mRNA, complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
10-formyltetrahydrofolate synthetase (THFS); FUNCTIONS IN: formate-tetrahydrofolate ligase activity, copper ion binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, folic acid and derivative biosynthetic process; LOCATED IN: apoplast, chloroplast, plasma membrane; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS, conserved site (InterPro:IPR020628), Formate-tetrahydrofolate ligase, FTHFS (InterPro:IPR000559); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT2G12280.1); Has 7211 Blast hits to 7172 proteins in 1581 species: Archae - 30; Bacteria - 3794; Metazoa - 307; Fungi - 186; Plants - 64; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2830 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18702064..18704687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67805.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 634 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSSTRKLEV VSPVPADIDI ANSVEPLHIS EIAKDLNINP LHYDLYGKYK AKVLLSAFDE LQGQEDGYYV VVGGITPTPL GEGKSTTTVG LCQALGAYLD 101: KKVVTCLRQP SQGPTFGIKG GAAGGGYSQV IPMDEFNLHL TGDIHAITAS NNLLAAAIDT RIFHETSQSD KALFNRLCPP NKEGKRSFSD IMFRRLTKLG 201: ISKTSPEELT PEEIKKFARL DIDPASITWR RVMDVNDRFL RKITIGQGPE EKGMTRETGF DISVASEIMA VLALTTSLGD MRERLGKMVI GNSKAGDPIT 301: ADDLGVGGAL TVLMKDAINP TLMQTLEGTP VLVHAGPFAN IAHGNSSIVA DKIALKLVGP GGFVVTEAGF GSDIGTEKFM NIKCRYSGLT PQCAIVVATV 401: RALKMHGGGP DVVAGRPLDR AYVSENVSLV EAGCVNLAKH ISNTKAYGVN VIVAVNMFAT DTEAELNAVR KFSMDAGAFD AVVCSHHAHS GKGAVDLGIA 501: VEKACQNITQ PLRFLYPLDI GIKDKIEAIA KSYGASGVEY SDQAEKQIEM YTQQGFSNLP ICMSKTQYSF SHDASKKGAP SGFVLPIRDV RGSIGAGFIY 601: PLVGTMSTMP GLPTRPCFYE IDIDTETGKV RGLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)