AT1G50110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : D-aminoacid aminotransferase-like PLP-dependent enzymes superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
D-aminoacid aminotransferase-like PLP-dependent enzymes superfamily protein; FUNCTIONS IN: branched-chain-amino-acid transaminase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: branched chain family amino acid metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class IV (InterPro:IPR001544), Aminotransferase, class IV, conserved site (InterPro:IPR018300), Branched-chain amino acid aminotransferase II (InterPro:IPR005786); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: D-aminoacid aminotransferase-like PLP-dependent enzymes superfamily protein (TAIR:AT1G50090.1); Has 12195 Blast hits to 12195 proteins in 2532 species: Archae - 155; Bacteria - 7654; Metazoa - 266; Fungi - 412; Plants - 250; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3458 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18558203..18560219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38863.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 356 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPSSSPLRT TSETDEKYAN VKWEELGFAL TPIDYMYVAK CRQGESFTQG KIVPYGDISI SPCSPILNYG QGLFEGLKAY RTEDDRIRIF RPDQNALRMQ 101: TGAERLCMTP PTLEQFVEAV KQTVLANKKW VPPPGKGTLY IRPLLLGSGA TLGVAPAPEY TFLIYASPVG DYHKVSSGLN LKVDHKYHRA HSGGTGGVKS 201: CTNYSPVVKS LLEAKSAGFS DVLFLDAATG RNIEELTACN IFIVKGNIVS TPPTSGTILP GVTRKSISEL AHDIGYQVEE RDVSVDELLE AEEVFCTGTA 301: VVVKAVETVT FHDKKVKYRT GEAALSTKLH SMLTNIQMGV VEDKKGWMVD IDPCQG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)