AT1G49530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geranylgeranyl pyrophosphate synthase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a mitochondria-targeted geranylgeranyl pyrophosphate synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
geranylgeranyl pyrophosphate synthase 6 (GGPS6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Terpenoid synthases superfamily protein (TAIR:AT3G20160.1); Has 16450 Blast hits to 16445 proteins in 2927 species: Archae - 341; Bacteria - 9363; Metazoa - 273; Fungi - 440; Plants - 451; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 5570 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18332529..18333539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36887.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 336 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRPRYSLILS AMRLIRPSNR RLSSIASSDS EFISYMKNKA KSINKALDNS IPLCNNFVPL WEPVLEVHKA MRYTLLPGGK RVRPMLCLVA CELVGGQEST 101: AMPAACAVEM IHAASLILDD LPCMDDDSLR RGKPTNHKVF GEKTSILASN ALRSLAVKQT LASTSLGVTS ERVLRAVQEM ARAVGTEGLV AGQAADLAGE 201: RMSFKNEDDE LRYLELMHVH KTAVLVEAAA VVGAIMGGGS DEEIERLKSY ARCVGLMFQV MDDVLDETKS SEELGKTAGK DLITGKLTYP KVMGVDNARE 301: YAKRLNREAQ EHLQGFDSDK VVPLLSLADY IVKRQN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)