AT1G43190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.940 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : polypyrimidine tract-binding protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
polypyrimidine tract-binding protein 3 (PTB3); FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: regulation of RNA splicing, regulation of translation; LOCATED IN: nucleus, cytoplasmic mRNA processing body, cytoplasm; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), HnRNP-L/PTB/hephaestus splicing factor (InterPro:IPR006536), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polypyrimidine tract-binding protein 1 (TAIR:AT3G01150.1); Has 2350 Blast hits to 1929 proteins in 173 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1455; Fungi - 41; Plants - 581; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 273 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:16275432..16278185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48236.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 432 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAESSKVVHV RNVGHEISEN DLLQLFQPFG VITKLVMLRA KNQALLQMQD VSSAVSALQF FTNVQPTIRG RNVYVQFSSH QELTTIEQNI HGREDEPNRI 101: LLVTIHHMLY PITVDVLHQV FSPYGFVEKL VTFQKSAGFQ ALIQYQVQQC AASARTALQG RNIYDGCCQL DIQFSNLEEL QVNYNNDRSR DYTNPNLPAE 201: QKGRSSHPCY GDTGVAYPQM ANTSAIAAAF GGGLPPGITG TNDRCTVLVS NLNADSIDED KLFNLFSLYG NIVRIKLLRN KPDHALVQMG DGFQAELAVH 301: FLKGAMLFGK RLEVNFSKHP NITPGTDSHD YVNSNLNRFN RNAAKNYRYC CSPTKMIHLS TLPQDVTEEE VMNHVQEHGA VVNTKVFEMN GKKQALVQFE 401: NEEEAAEALV CKHATSLGGS IIRISFSQLQ TI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)