AT1G30450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cation-chloride co-transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cation-chloride co-transporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cation-chloride co-transporter 1 (CCC1); FUNCTIONS IN: sodium:potassium:chloride symporter activity, cation:chloride symporter activity; INVOLVED IN: transport, chloride transport, cation transport, sodium ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: root vascular system, root tip, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid permease domain (InterPro:IPR004841), Na/K/Cl co-transporter superfamily (InterPro:IPR004842); Has 4233 Blast hits to 3854 proteins in 900 species: Archae - 104; Bacteria - 2028; Metazoa - 1538; Fungi - 159; Plants - 142; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 262 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:10762905..10769061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 106654.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 975 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSGDIEEAG GNGEEEFRSG PRLGGSKYRP VVAHDRAVVE MSSIDPGSSS STLKNIKVVA PGDVGAGVRG PEDGVNGHQK ESKLELFGFD SLVNILGLKS 101: MTGEQIQAPS SPRDGEDISI TQGHPKPPAL KMGTMMGVFV PCLQNILGII YYIRFTWIVG MAGIGQGLVL VFLCGLCTFL TTISLSAIAT NGAMKGGGPY 201: YLIGRALGPE VGISIGLCFF LGNAVAGALY VLGAVETFLK AFPAAGIFRE TITKVNGTAV SESIQSPNSH DLQVYGIVVT ILLCFIVFGG VKMINRVAPA 301: FLVPVLLSIF CIFIGIFLAK TDDPDNGITG LRLKSFKDNW GSAYQMTNDA GIPDPTGGTY WSFNELVGLF FPAVTGIMAG SNRSASLKDT QKSIPVGTLA 401: ATLTTTSLYL ISVLFFGAVA TRDKLLTDRL LTATIAWPFP AIVHVGIILS TLGAALQSLT GAPRLLAAIA NDDILPILNY FKVADTSEPH IATLFTAFIC 501: IGCVVIGNLD LITPTVTMFY LLCYSGVNLS CFLLDLLDAP SWRPRWKYHH WSLSFVGASL CIVIMFLISW SFTVVAIALA SLIYKYVGLK GKAGDWGDGF 601: KSAYFQLALR SLRSLGANQV HPKNWYPIPL VFCRPWGQLP ENVPCHPKLA DFANCMKKKG RGMSIFVSIL DGDYYECAEE AKEACKQLAT YIEYKRCEGV 701: AEIVVAPNMT EGFRGIIQTM GLGNLKPNIV VMRYPEIWRR ENLTEIPSTF VGIINDCITA NKAVVIIKGL DEWPNEYQRQ YGTIDLYWIV RDGGLMLLLS 801: QLLLTKESFE SCKIQLFCIA EEDSDAEALK ADVKKFLYDL RMHAEVIVVT MKSWDIRSEG NSQEDSLEAF DAAQRRISDY LGEIKRQGSN PLLANGKPMV 901: VNEQQVEKFL YTMLKLNSTI LSYSRMAAVV LVSLPPPPLN HPAYFYMEYM DLLVENVPRM LIVRGYHRDV VTLFT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)