AT1G28130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.907 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin-responsive GH3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an IAA-amido synthase that conjugates Asp and other amino acids to auxin in vitro. Lines carrying insertions in this gene are hypersensitive to auxin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GH3.17; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GH3 auxin-responsive promoter (InterPro:IPR004993); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin-responsive GH3 family protein (TAIR:AT5G54510.1); Has 1405 Blast hits to 1296 proteins in 239 species: Archae - 0; Bacteria - 491; Metazoa - 54; Fungi - 2; Plants - 672; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 186 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:9825431..9827883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68867.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 609 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIPSYDPNDT EAGLKLLEDL TTNAEAIQQQ VLHQILSQNS GTQYLRAFLD GEADKNQQSF KNKVPVVNYD DVKPFIQRIA DGESSDIVSA QPITELLTSS 101: GTSAGKPKLM PSTAEELERK TFFYSMLVPI MNKYVDGLDE GKGMYLLFIK PEIKTPSGLM ARPVLTSYYK SQHFRNRPFN KYNVYTSPDQ TILCQDSKQS 201: MYCQLLCGLV QRSHVLRVGA VFASAFLRAV KFLEDHYKEL CADIRTGTVT SWITDSSCRD SVLSILNGPN QELADEIESE CAEKSWEGIL RRIWPKAKYV 301: EVIVTGSMAQ YIPTLEFYSG GLPLVSTMYA SSECYFGINL NPLCDPADVS YTLLPNMAYF EFLPVDDKSH EEIHFATHSN TDDDDDALKE DLIVNLVNVE 401: VGQYYEIVIT TFTGLYRYRV GDILKVTGFH NKAPQFRFVQ RRNVVLSIDT DKTSEEDLLN AVTQAKLNHL QHPSSLLLTE YTSYADTSSI PGHYVLFWEL 501: KPRHSNDPPK LDDKTMEDCC SEVEDCLDYV YRRCRNRDKS IGPLEIRVVS LGTFDSLMDF CVSQGSSLNQ YKTPRCVKSG GALEILDSRV IGRFFSKRVP 601: QWEPLGLDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)