AT1G23290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L18e/L15 superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ribosomal protein L27A, a constituent of the large subunit of the ribosomal complex. Regulated by TCP20. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RPL27AB; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L18e/L15 (InterPro:IPR021131), Ribosomal protein L15, conserved site (InterPro:IPR001196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L18e/L15 superfamily protein (TAIR:AT1G70600.1); Has 1087 Blast hits to 1087 proteins in 423 species: Archae - 174; Bacteria - 23; Metazoa - 355; Fungi - 166; Plants - 138; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 231 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:8263007..8263447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16293.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATALKKNRK KRGHVSAGHG RIGKHRKHPG GRGNAGGMHH HRILFDKYHP GYFGKVGMRY FHKLRNKFFC PIVNLDKLWS LVPEDVKAKS SKDNVPLIDV 101: TQHGFFKVLG KGHLPENKPF VVKAKLISKT AEKKIKEAGG AVVLTA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)