AT1G22190.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Integrase-type DNA-binding superfamily protein; FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: related to AP2 4 (TAIR:AT1G78080.1); Has 5992 Blast hits to 5760 proteins in 260 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 5935; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7836245..7837030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29138.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 261 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTSMDFYSN KTFQQSDPFG GELMEALLPF IKSPSNDSSA FAFSLPAPIS YGSDLHSFSH HLSPKPVSMK QTGTSAAKPT KLYRGVRQRH WGKWVAEIRL 101: PRNRTRLWLG TFDTAEEAAL AYDKAAYKLR GDFARLNFPD LRHNDEYQPL QSSVDAKLEA ICQNLAETTQ KQVRSTKKSS SRKRSSTVAV KLPEEDYSSA 201: GSSPLLTESY GSGGSSSPLS ELTFGDTEEE IQPPWNENAL EKYPSYEIDW DSILQCSSLV N |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)