AT1G18090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 5'-3' exonuclease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
5'-3' exonuclease family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding, catalytic activity, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: XPG conserved site (InterPro:IPR019974), XPG N-terminal (InterPro:IPR006085), DNA repair protein (XPGC)/yeast Rad (InterPro:IPR006084), 5'-3' exonuclease, C-terminal subdomain (InterPro:IPR020045), Helix-hairpin-helix motif, class 2 (InterPro:IPR008918), XPG/RAD2 endonuclease (InterPro:IPR006086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 5'-3' exonuclease family protein (TAIR:AT1G29630.2); Has 2134 Blast hits to 2045 proteins in 397 species: Archae - 265; Bacteria - 69; Metazoa - 518; Fungi - 574; Plants - 189; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 503 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6224539..6227715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64781.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGIKDLLRFM KPYILPIHIQ KYAGKRVGID AYSWLHKGAY SCSMELCLDT DGKKKLRYID YFMHRVNLLQ HYEIIPVVVL DGGNMPCKAA TGDERHRKRK 101: ANFDAAMVKL KEGNVAAATE LFQRAVSVTS SMAHQLIQVL KSENVEFIVA PYEADAQLAY LSSLELEQGG IAAVITEDSD LLAYGCKAVI FKMDRYGKGE 201: ELVLDNVFQA VDQKPSFQNF DQELFTAMCV LAGCDFLPSV PGVGISRAHA FISKYQSVEL VLSFLKTKKG KLVPDDYSSS FTEAVSVFQH ARVYDFDAKK 301: LKHLKPLSHN LLNLPVEQLE FLGPDLSPSV AVAIAEGNVD PITMKAFNHF SVSRKPLKTP VRSFKEQEKG SSFLVCSLSK SEEIIELKRT ADEAMIDPEA 401: IVKKKMYSKQ DSDLYKLLAQ PNRDQVVTRP SNPSLIPDNN PFKIRKTDEI NLEIAEYGVQ ELADSFVTKS KAVDVASSSP NSHEHEDQKE CVTIDLSKLD 501: AAGIKQDSEK NRVKETFETT EVDLAEVQDH VNMTTKRVRG TKPRTENFKV KTSCKSSENN KTIIKKKHSI LDFFQRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)