AT1G16400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome P450, family 79, subfamily F, polypeptide 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytochrome P450 CYP79F2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome P450, family 79, subfamily F, polypeptide 2 (CYP79F2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome p450 79f1 (TAIR:AT1G16410.1); Has 27578 Blast hits to 27450 proteins in 1508 species: Archae - 44; Bacteria - 2254; Metazoa - 10521; Fungi - 5390; Plants - 8520; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 846 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5605231..5607281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61435.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 537 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMKISFNTC FQILLGFIVF IASITLLGRI FSRPSKTKDR CRQLPPGRPG WPILGNLPEL IMTRPRSKYF HLAMKELKTD IACFNFAGTH TITINSDEIA 101: REAFRERDAD LADRPQLSIV ESIGDNYKTM GTSSYGEHFM KMKKVITTEI MSVKTLNMLE AARTIEADNL IAYIHSMYQR SETVDVRELS RVYGYAVTMR 201: MLFGRRHVTK ENMFSDDGRL GKAEKHHLEV IFNTLNCLPG FSPVDYVDRW LGGWNIDGEE ERAKVNVNLV RSYNNPIIDE RVEIWREKGG KAAVEDWLDT 301: FITLKDQNGN YLVTPDEIKA QCVEFCIAAI DNPANNMEWT LGEMLKNPEI LRKALKELDE VVGKDRLVQE SDIRNLNYLK ACCRETFRIH PSAHYVPPHV 401: ARQDTTLGGY FIPKGSHIHV CRPGLGRNPK IWKDPLAYEP ERHLQGDGIT KEVTLVETEM RFVSFSTGRR GCVGVKVGTI MMAMMLARFL QGFNWKLHRD 501: FGPLSLEEDD ASLLMAKPLL LSVEPRLASN LYPKFRP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)