AT1G12770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a DEAD-box RNA helicase that localizes to mitochondria and is essential for regulating cell-to-cell transport via plasmodesmata. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1586 (EMB1586); FUNCTIONS IN: RNA helicase activity; INVOLVED IN: plasmodesma organization, plasmodesmata-mediated intercellular transport, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: embryo, root, flower, shoot meristem; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT5G60990.1); Has 38833 Blast hits to 38121 proteins in 2993 species: Archae - 753; Bacteria - 18819; Metazoa - 5837; Fungi - 4441; Plants - 2445; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 6526 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4351888..4353543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60721.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 551 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASTSTRFL VLLKDFSAFR KISWTCAATN FHRQSRFLCH VAKEDGSLTL ASLDLGNKPR KFGKGKAMKL EGSFVTEMGQ GKVRAVKNDK MKVVKEKKPA 101: EIVSPLFSAK SFEELGLPDS LLDSLEREGF SVPTDVQSAA VPAIIKGHDA VIQSYTGSGK TLAYLLPILS EIGPLAEKSR SSHSENDKRT EIQAMIVAPS 201: RELGMQIVRE VEKLLGPVHR RMVQQLVGGA NRMRQEEALK KNKPAIVVGT PGRIAEISKG GKLHTHGCRF LVLDEVDELL SFNFREDIHR ILEHVGKRSG 301: AGPKGEVDER ANRQTILVSA TVPFSVIRAA KSWSHEPVLV QANKVTPLDT VQPSAPVMSL TPTTSEADGQ IQTTIQSLPP ALKHYYCISK HQHKVDTLRR 401: CVHALDAQSV IAFMNHSRQL KDVVYKLEAR GMNSAEMHGD LGKLGRSTVL KKFKNGEIKV LVTNELSARG LDVAECDLVV NLELPTDAVH YAHRAGRTGR 501: LGRKGTVVTV CEESQVFIVK KMEKQLGLPF LYCEFVDGEL VVTEEDKAII R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)