AT1G12200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.978 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Flavin-binding monooxygenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Flavin-binding monooxygenase family protein; FUNCTIONS IN: NADP or NADPH binding, monooxygenase activity, FAD binding, flavin-containing monooxygenase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Flavin-containing monooxygenase FMO (InterPro:IPR000960), Flavin-containing monooxygenase-like (InterPro:IPR020946); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Flavin-binding monooxygenase family protein (TAIR:AT1G62580.1); Has 13440 Blast hits to 12864 proteins in 1673 species: Archae - 50; Bacteria - 7104; Metazoa - 1242; Fungi - 1614; Plants - 842; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2588 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4137627..4139835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52985.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSHPDPTT SRHVAVIGAG AAGLVAAREL RREGHSVVVL ERGSQIGGVW AYTSQVEPDP LSLDPTRPVV HSSLYRSLRT NIPRECMGFT DFPFATRPHD 101: GSRDPRRHPA HTEVLAYLRD FAKEFDIEEM VRFETEVVKA EQVAAEGEER GKWRVESRSS DGVVDEIYDA VVVCNGHYTE PRHALITGID SWPGKQIHSH 201: NYRVPDQFKD QVVIVIGSSA SGVDICRDIA QVAKEVHVSS RSTSPDTYEK LTGYENLWLH STIQIAREDG SVVFENGKTI YADTIMHCTG YKYYFPFLDT 301: KGEVTVDDNR VGPLYKHVFP PALAPSLSFI GLPWQITPFP MFELQSKWVA AVLSGRVSLP SQDEMMEDTK AFYDKLEASG IPKRYTHLMP DDSQFEYDNW 401: LADQCEYPRI EKWREQMFYI GFKRIYAQSS TYRDNWDDDH LIVEAYDDFV KFMSSYQELL PMLKT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)