AT1G06870.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.984 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein; FUNCTIONS IN: serine-type peptidase activity, peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S24/S26A/S26B/S26C, beta-ribbon domain (InterPro:IPR011056), Peptidase S24/S26A/S26B/S26C (InterPro:IPR015927), Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site (InterPro:IPR019758), Peptidase S26, conserved region (InterPro:IPR019533), Peptidase S26A, signal peptidase I (InterPro:IPR000223), Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site (InterPro:IPR019756); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: thylakoid processing peptide (TAIR:AT2G30440.1); Has 9578 Blast hits to 9341 proteins in 2371 species: Archae - 0; Bacteria - 7160; Metazoa - 214; Fungi - 105; Plants - 244; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1855 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2108832..2110642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40152.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIRVTFTYS SYVARSIASS AGTRVGTGDV RSCFETWVRP RFCGHNQIPD IVDKSPGSNT WGPSSGPRAR PASSMYSTIA REILEEGCKS PLVLGMISLM 101: NLTGAPQFSG MTGLGISPFK TSSVIPFLRG SKWMPCSIPA TLSTDIAEVD RGGKVCDPKV KLELSDKVSN GGNGWVNKLL NICSEDAKAA FTAVTVSLLF 201: RSALAEPKSI PSTSMLPTLD VGDRVIAEKV SYFFRKPEVS DIVIFKAPPI LVEHGYSCAD VFIKRIVASE GDWVEVCDGK LLVNDTVQAE DFVLEPIDYE 301: MEPMFVPEGY VFVLGDNRNK SFDSHNWGPL PIKNIIGRSV FRYWPPSKVS DIIHHEQVSQ KRAVDVS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)