AT1G06790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase Rpb7, N-terminal (InterPro:IPR005576), RNA polymerase III, subunit Rpc25 (InterPro:IPR013238); Has 892 Blast hits to 892 proteins in 299 species: Archae - 169; Bacteria - 0; Metazoa - 273; Fungi - 266; Plants - 84; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 100 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2087645..2089287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23037.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFYLSELEHS LRVPPHLLNL PLEDAIKSVL QNVFLDKVLA DLGLCVSIYD IKSVEGGFVL PGDGAATYKV GLRIVVFRPF VGEVIAAKFK ESDANGLRLT 101: LGFFDDIYVP APLMPKPNRC EPDPYNRKQM IWVWEYGEPK EDYIVDDACQ IKFRVESISY PSVPTERAED AKPFAPMVVT GNMDDDGLGP VSWWDSYEQV 201: DQEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)