AT1G05030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.915 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: mitochondrion, integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plastidic GLC translocator (TAIR:AT5G16150.3); Has 32095 Blast hits to 31550 proteins in 2260 species: Archae - 588; Bacteria - 15264; Metazoa - 5199; Fungi - 6752; Plants - 2455; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1837 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1438324..1441385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57205.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWVTNTVLLY RPNSMNRLTF SYPTRLAHSR KASSFSRFFR SSKRKKRVTT LSTKKPDDDH EISPVPPEKF SADLGWLSAF PHVSVASMAN FLFGYHIGVM 101: NGPIVSIARE LGFEGNSILE GLVVSIFIAG AFIGSIVAGP LVDKFGYRRT FQIFTIPLIL GALVSAQAHS LDEILCGRFL VGLGIGVNTV LVPIYISEVA 201: PTKYRGSLGT LCQIGTCLGI IFSLLLGIPA EDDPHWWRTM LYVASMPGFL LALGMQFAVE SPRWLCKVGR LDDAKVVIRN IWGGSEVEKA VEDFQSVMKN 301: SGSNLNSRWL ELLDKPHSRV AFIGGSLFVL QQFAGINGVL YFSSLTFQNV GITSGAQASL YVGVTNFAGA LCASYLIDKQ GRKKLLIGSY LGMAVSMFLI 401: VYAVGFPLDE DLSQSLSILG TLMYIFSFAI GAGPVTGLII PELSSNRTRG KIMGFSFSVH WVSNFLVGLF FLDLVEKYGV GTVYASFGSV SLLAAAFSHL 501: FTVETKGRSL EEIELSLNSR DDLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)