AT1G02860.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a likely ubiquitin E3 ligase with RING and SPX domains that is involved in mediating immune responses. Targeted by MIR827. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nitrogen limitation adaptation (NLA); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), SPX, N-terminal (InterPro:IPR004331); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SPX (SYG1/Pho81/XPR1) domain-containing protein / zinc finger (C3HC4-type RING finger) protein-related (TAIR:AT2G38920.1); Has 2026 Blast hits to 2013 proteins in 210 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1472; Fungi - 138; Plants - 261; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 155 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:635474..637083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38411.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFCKKYEEY MQGQKEKKNL PGVGFKKLKK ILKRCRRNHV PSRISFTDAI NHNCSRECPV CDGTFFPELL KEMEDVVGWF NEHAQKLLEL HLASGFTKCL 101: TWLRGNSRKK DHHGLIQEGK DLVNYALINA VAIRKILKKY DKIHESRQGQ AFKTQVQKMR IEILQSPWLC ELMAFHINLK ESKKESGATI TSPPPPVHAL 201: FDGCALTFDD GKPLLSCELS DSVKVDIDLT CSICLDTVFD PISLTCGHIY CYMCACSAAS VNVVDGLKTA EATEKCPLCR EDGVYKGAVH LDELNILLKR 301: SCRDYWEERR KTERAERLQQ AKEYWDYQCR SFTGI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)