AT5G54600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Translation protein SH3-like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Translation protein SH3-like family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Translation protein SH3-like (InterPro:IPR008991), KOW (InterPro:IPR005824), Ribosomal protein L24 (InterPro:IPR003256), Ribosomal protein L24/L26, conserved site (InterPro:IPR005825); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: KOW domain-containing protein (TAIR:AT5G23535.1); Has 7434 Blast hits to 7434 proteins in 2595 species: Archae - 0; Bacteria - 5337; Metazoa - 128; Fungi - 18; Plants - 114; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1837 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22183046..22184403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21977.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 198 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATMSALQSS FTSLSLSPSS SFLGQRLISP ISLSVTSPVK PAENPCLVLA KLKRWERKEC KPNSLPILHK MHVKFGDTVK VISGRDKGKI GEVTKIFTHN 101: STIVIKDVNL KTKHMKSREE GEPGQIVKIE APIHSSNVML YSKEKDVVSR VGHKVLEDGQ KVRYLIKTGE LIDTIEKWKL LKEAKDKETT QVAVTSAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)