AT5G53120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.652 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : spermidine synthase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a novel spermine synthase and is a paralog of previously characterized spermidine synthases, SPDS1 and SPDS2. SPDS3 forms heterodimers with SDPS2, which in turn forms heterodimers with SDPS1 in vivo. The gene does not complement speDelta3 deficiency of spermidine synthase in yeast but DOES complement speDelta4 deficiency. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
spermidine synthase 3 (SPDS3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spermine synthase (InterPro:IPR001045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: spermidine synthase 1 (TAIR:AT1G23820.1); Has 5367 Blast hits to 5364 proteins in 1535 species: Archae - 174; Bacteria - 2998; Metazoa - 341; Fungi - 210; Plants - 426; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1218 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21535429..21537653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39241.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 359 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGDVGIGLV CQNTMDGKAS NGNGLEKTVP SCCLKAMACV PEDDAKCHST VVSGWFSEPH PRSGKKGGKA VYFNNPMWPG EAHSLKVEKV LFKDKSDFQE 101: VLVFESATYG KVLVLDGIVQ LTEKDECAYQ EMIAHLPLCS ISSPKNVLVV GGGDGGVLRE ISRHSSVEVI DICEIDKMVI DVSKKFFPEL AVGFDDPRVQ 201: LHIGDAAEFL RKSPEGKYDA IIVDSSDPVG PALALVEKPF FETLARALKP GGVLCNMAES MWLHTHLIED MISICRQTFK SVHYAWSSVP TYPSGVIGFV 301: LCSTEGPAVD FKNPINPIEK LDGAMTHKRE LKFYNSDMHR AAFALPTFLR REVASLLAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)