AT5G30510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein S1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein S1 (RPS1); FUNCTIONS IN: RNA binding; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast stroma, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Ribosomal protein S1, RNA-binding domain (InterPro:IPR003029); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleic acid-binding proteins superfamily (TAIR:AT1G71720.1); Has 27453 Blast hits to 18967 proteins in 2720 species: Archae - 77; Bacteria - 20681; Metazoa - 178; Fungi - 177; Plants - 343; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5997 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:11619262..11621223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45113.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLAQQFSG LRCSPLSSSS RLSRRASKNF PQNKSASVSP TIVAAVAMSS GQTKERLELK KMFEDAYERC RTSPMEGVAF TVDDFAAAIE QYDFNSEIGT 101: RVKGTVFKTD ANGALVDISA KSSAYLSVEQ ACIHRIKHVE EAGIVPGMVE EFVIIGENES DDSLLLSLRN IQYELAWERC RQLQAEDVIV KAKVIGANKG 201: GLVALVEGLR GFVPFSQISS KAAAEELLEK EIPLKFVEVD EEQTKLVLSN RKAVADSQAQ LGIGSVVLGV VQSLKPYGAF IDIGGINGLL HVSQISHDRV 301: SDIATVLQPG DTLKVMILSH DRDRGRVSLS TKKLEPTPGD MIRNPKLVFE KAEEMAQTFR QRIAQAEAMA RADMLRFQPE SGLTLSSDGI LGPLGSELPD 401: DGVDLTVDDI PSAVDI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)