AT4G33760.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : tRNA synthetase class II (D, K and N) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tRNA synthetase class II (D, K and N) family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: aspartyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb (InterPro:IPR002312), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Aspartyl-tRNA synthetase, class IIb, bacterial/mitochondrial type (InterPro:IPR004524), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150), Aspartyl-tRNA synthetase, class IIb, bacterial/mitochondrial type, C-terminal (InterPro:IPR018153), GAD domain (InterPro:IPR004115); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lysyl-tRNA synthetase, class II (TAIR:AT3G13490.1); Has 31429 Blast hits to 23398 proteins in 2969 species: Archae - 812; Bacteria - 21040; Metazoa - 874; Fungi - 1027; Plants - 329; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7347 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16189285..16193260 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74521.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 664 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLLLRTLPL RPTRFLSATA ISISNATNFF VVPKRTNPLP GTRRTFSSSP VAAASGDVVV KPVPSPPSVL RWVSRTELCG ELSVNDVGKR VHLCGWVALH 101: RVHGGLTFLN LRDHTGIVQV RTLPDEFPEA HGLINDMRLE YVVLVEGTVR SRPNESVNKK MKTGFVEVVA EHVEILNPVR TKLPFLVTTA DENKDLIKEE 201: IRLRFRCLDL RRQQMKNNIV LRHNVVKLIR RYLEDRHGFI EIETPILSRS TPEGARDYLV PSRIQSGTFY ALPQSPQLFK QMLMVSGFDK YYQIARCFRD 301: EDLRADRQPE FTQLDMEMAF MPMEDMLKLN EDLIRKVFSE IKGIQLPDPF PRLTYADAMD RYGSDRPDTR FDLELKDVSN VFTESSFRVF TEALESGGII 401: KVLCVPLGAK KYSNSALKKG DIYNEAMKSG AKGLPFLKVL DNGEIEGIAA LVSSLDSAGK INFVKQCGAA PGDLILFGVG PVTSVNKTLD RLRLFVAHDM 501: DLIDHSKHSI LWVTDFPMFE WNEPEQRLEA LHHPFTAPKP EDMDDLPSAR ALAYDMVYNG VEIGGGSLRI YKRDVQEKVL EIIGISPEEA ESKFGYLLEA 601: LDMGAPPHGG IAYGLDRMVM MLGGASSIRD VIAFPKTTTA QCALTRTPSE VDPKQLQDLS IRTK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)