AT4G30810.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 29 (scpl29); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 26 (TAIR:AT2G35780.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15003474..15006017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53058.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKTRGSCCL VNALIAIAFL ATAHLCEAGL SQKEQDKVSK LPGQNFNVSF AHYSGFVATN EQLGRALFYW LFEAVEDAKS KPLVLWLNGG PGCSSVAYGE 101: AEEIGPFHIK ADGKTLYLNQ YSWNQAANIL FLDAPVGVGY SYSNTSSDLK SNGDKRTAED SLKFLLKWVE RFPEYKGRDF YIVGESYAGH YIPQLSEAIV 201: KHNQGSDKNS INLKGYMVGN GLMDDFHDRL GLFQYIWSLG FISDQTYSLL QLQCGFESFI HSSKQCNKIL EIADKEIGNI DQYSVFTPAC VANASQSNML 301: LKKRPMTSRV SEQYDPCTEK HTTVYFNLPE VQKALHVPPG LAPSKWDTCS DVVSEHWNDS PSSVLNIYHE LIAAGLRIWV FSGDADAVVP VTSTRYSIDA 401: LNLRPLSAYG PWYLDGQVGG WSQQYAGLNF VTVRGAGHEV PLHRPKQALA LFKAFISGTP LSTHENSISR DMSELVSDS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)