AT4G11420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : eukaryotic translation initiation factor 3A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a subunit of eukaryotic initiation factor 3 (eIF3), a multisubunit complex that is required for binding of mRNA to 40 S ribosomal subunits, stabilization of ternary complex binding to 40 S subunits, and dissociation of 40 and 60 S subunits. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
eukaryotic translation initiation factor 3A (EIF3A); FUNCTIONS IN: translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation; LOCATED IN: eukaryotic translation initiation factor 3 complex, plasma membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G23330.1); Has 151795 Blast hits to 76455 proteins in 3156 species: Archae - 1231; Bacteria - 22686; Metazoa - 70860; Fungi - 11049; Plants - 6472; Viruses - 438; Other Eukaryotes - 39059 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6947834..6952053 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 114306.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 987 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANFAKPENA LKRADELINV GQKQDALQAL HDLITSKRYR AWQKPLEKIM FKYLDLCVDL KRGRFAKDGL IQYRIVCQQV NVSSLEEVIK HFLHLATDKA 101: EQARSQADAL EEALDVDDLE ADRKPEDLQL SIVSGEKGKD RSDRELVTPW FKFLWETYRT VLEILRNNSK LEALYAMTAH KAFQFCKQYK RTTEFRRLCE 201: IIRNHLANLN KYRDQRDRPD LSAPESLQLY LDTRFDQLKV ATELGLWQEA FRSVEDIYGL MCMVKKTPKS SLLMVYYSKL TEIFWISSSH LYHAYAWFKL 301: FSLQKNFNKN LSQKDLQLIA SSVVLAALSI PPFDRAQSAS HMELENEKER NLRMANLIGF NLEPKFEGKD MLSRSALLSE LVSKGVLSCA SQEVKDLFHV 401: LEHEFHPLDL GSKIQPLLEK ISKSGGKLSS APSLPEVQLS QYVPSLEKLA TLRLLQQVSK IYQTIRIESL SQLVPFFQFS EVEKISVDAV KNNFVAMKVD 501: HMKGVVIFGN LGIESDGLRD HLAVFAESLS KVRAMLYPVP SKASKLAGVI PNLADTVEKE HKRLLARKSI IEKRKEDQER QQLEMEREEE QKRLKLQKLT 601: EEAEQKRLAA ELAERRKQRI LREIEEKELE EAQALLEETE KRMKKGKKKP LLDGEKVTKQ SVKERALTEQ LKERQEMEKK LQKLAKTMDY LERAKREEAA 701: PLIEAAYQRR LVEEREFYER EQQREVELSK ERHESDLKEK NRLSRMLGNK EIFQAQVISR RQAEFDRIRT EREERISKII REKKQERDIK RKQIYYLKIE 801: EERIRKLQEE EEARKQEEAE RLKKVEAERK ANLDKAFEKQ RQREIELEEK SRREREELLR GTNAPPARLA EPTVTPVGTT APAAAAAAAG APAAPYVPKW 901: KRQTTEVSGP SAPTSSETDR RSNRGPPPGD DHWGSNRGAA QNTDRWTSNR ERSGPPAEGG DRWGSGPRGS DDRRSTFGSS RPRPTQR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)