AT4G11260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.966 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatase-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Functions in plant disease resistance signaling, SCF(TIR1) mediated degradation of Aux/IAA proteins and HSP90 mediated degradation of R resistance proteins. AtSGT1a and AtSGT1b are functionally redundant in the resistance to pathogenes. AtSGT1b was more highly expressed than AtSGT1. The N-terminal TPR domain of AtSGT1a reduces the steady-state level of Arabidopsis SGT1 proteins whereas the same domain from AtSGT1b enhances SGT1 accumulation. The TPR domain is dispensable for SGT1 resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SGT1B; FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: SCF ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CS-like domain (InterPro:IPR007052), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), SGS (InterPro:IPR007699), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), CS domain (InterPro:IPR017447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatase-related (TAIR:AT4G23570.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:6851515..6853719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39764.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKELAEKAK EAFLDDDFDV AVDLYSKAID LDPNCAAFFA DRAQANIKID NFTEAVVDAN KAIELEPTLA KAYLRKGTAC MKLEEYSTAK AALEKGASVA 101: PNEPKFKKMI DECDLRIAEE EKDLVQPMPP SLPSSSTTPL ATEADAPPVP IPAAPAKPMF RHEFYQKPEE AVVTIFAKKV PKENVTVEFG EQILSVVIDV 201: AGEEAYHLQP RLFGKIIPEK CRFEVLSTKV EIRLAKAEII TWASLEYGKG QSVLPKPNVS SALSQRPVYP SSKPAKDWDK LEAEVKKQEK DEKLDGDAAM 301: NKFFSDIYSS ADEDMRRAMN KSFAESNGTV LSTNWKEVGT KKVESTPPDG MELKKWEY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)