AT3G63490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L1p/L10e family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L1p/L10e family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation, RNA processing; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L1 (InterPro:IPR002143), Ribosomal protein L1, bacterial-type (InterPro:IPR005878), Ribosomal protein L1, 2-layer alpha/beta-sandwich (InterPro:IPR016094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L1p/L10e family (TAIR:AT2G42710.1); Has 9168 Blast hits to 9162 proteins in 2816 species: Archae - 276; Bacteria - 5341; Metazoa - 152; Fungi - 277; Plants - 105; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3017 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:23444269..23446020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37634.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAACATHSSL MLAYAAASTR SQDLTPTPSL FSFASSRPNH LSFPLLLLGG SRDRRCAAID RASNHKFIVS AVAAEADLDT EEDLEQTATA VLDPPKPKKG 101: KAALVLKRDR TRSKRFLEIQ KLRETKKEYD VNTAISLLKQ TANTRFVESV EAHFRLNIDP KYNDQQLRAT VSLPKGTGQT VIVAVLAQGE KVDEAKSAGA 201: DIVGSDDLIE QIKGGFMEFD KLIASPDMMV KVAGLGKILG PRGLMPNPKA GTVTANIPQA IEEFKKGKVE FRADKTGIVH IPFGKVNFTE EDLLINFLAA 301: VKSVETNKPK GAKGVYWKSA HICSSMGPSI KLNIREMIDF KPPTAN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)