AT3G63140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with ribonuclease activity that is involved in plastid rRNA maturation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa (CSP41A); FUNCTIONS IN: mRNA binding, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: rRNA processing; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast RNA binding (TAIR:AT1G09340.1); Has 1047 Blast hits to 1047 proteins in 372 species: Archae - 70; Bacteria - 649; Metazoa - 6; Fungi - 5; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 211 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:23327006..23328620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43932.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAALSSSSLF FSSKTTSPIS NLLIPPSLHR FSLPSSSSSF SSLSSSSSSS SSLLTFSLRT SRRLSPQKFT VKASSVGEKK NVLIVNTNSG GHAVIGFYFA 101: KELLSAGHAV TILTVGDESS EKMKKPPFNR FSEIVSGGGK TVWGNPANVA NVVGGETFDV VLDNNGKDLD TVRPVVDWAK SSGVKQFLFI SSAGIYKSTE 201: QPPHVEGDAV KADAGHVVVE KYLAETFGNW ASFRPQYMIG SGNNKDCEEW FFDRIVRDRA VPIPGSGLQL TNISHVRDLS SMLTSAVANP EAASGNIFNC 301: VSDRAVTLDG MAKLCAAAAG KTVEIVHYDP KAIGVDAKKA FLFRNMHFYA EPRAAKDLLG WESKTNLPED LKERFEEYVK IGRDKKEIKF ELDDKILEAL 401: KTPVAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)