AT3G51260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome alpha subunit PAD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
20S proteosomal alpha subunits. Interacts with SnRK, SKP1/ASK1 during proteasomal binding of an SCF ubiquitin ligase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome alpha subunit PAD1 (PAD1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: in 10 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, alpha-subunit, conserved site (InterPro:IPR000426), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: proteasome alpha subunit D2 (TAIR:AT5G66140.1); Has 5855 Blast hits to 5853 proteins in 462 species: Archae - 847; Bacteria - 1; Metazoa - 1895; Fungi - 1451; Plants - 751; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 910 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19031086..19032746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27338.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 250 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARYDRAITV FSPDGHLFQV EYALEAVRKG NAAVGVRGTD TVVLAVEKKS TPKLQDSRSA RKIVSLDNHI ALACAGLKAD ARVLINKARI ECQSHRLTLE 101: DPVTVEYITR YIAGLQQKYT QSGGVRPFGL STLIVGFDPY TRIPALYQTD PSGTFSAWKA NATGRNSNSI REFLEKNYKE SAGQETVKLA IRALLEVVES 201: GGKNIEVAVM TREEGVLKQL EEEEIDIIVA EIEAEKAAAE AAKKGPAKET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)