AT3G47860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplastic lipocalin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplastic lipocalin AtCHL. Located in thylakoid lumen. Involved in the protection of thylakoidal membrane lipids against reactive oxygen species, especially singlet oxygen, produced upon excess light. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplastic lipocalin (CHL); FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: thylakoid lumen, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipocalin-like (InterPro:IPR013208), Lipocalin conserved site (InterPro:IPR022272), Calycin (InterPro:IPR012674), Calycin-like (InterPro:IPR011038); Has 184 Blast hits to 184 proteins in 68 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 66; Fungi - 0; Plants - 91; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 13 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17656778..17658269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39118.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 353 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILLSSSISL SRPVSSQSFS PPAATSTRRS HSSVTVKCCC SSRRLLKNPE LKCSLENLFE IQALRKCFVS GFAAILLLSQ AGQGIALDLS SGYQNICQLG 101: SAAAVGENKL TLPSDGDSES MMMMMMRGMT AKNFDPVRYS GRWFEVASLK RGFAGQGQED CHCTQGVYTF DMKESAIRVD TFCVHGSPDG YITGIRGKVQ 201: CVGAEDLEKS ETDLEKQEMI KEKCFLRFPT IPFIPKLPYD VIATDYDNYA LVSGAKDKGF VQVYSRTPNP GPEFIAKYKN YLAQFGYDPE KIKDTPQDCE 301: VTDAELAAMM SMPGMEQTLT NQFPDLGLRK SVQFDPFTSV FETLKKLVPL YFK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)