AT3G25660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Amidase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Amidase family protein; FUNCTIONS IN: glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity, carbon-nitrogen ligase activity, with glutamine as amido-N-donor; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amidase, conserved site (InterPro:IPR020556), Amidase (InterPro:IPR000120), Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit (InterPro:IPR004412); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid amide hydrolase (TAIR:AT5G64440.1); Has 20819 Blast hits to 20789 proteins in 2485 species: Archae - 270; Bacteria - 10912; Metazoa - 560; Fungi - 1426; Plants - 399; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7252 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9339640..9342044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57184.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 537 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSTLQPPRS LSLLPLRRFQ ISKTIVSAAS SKTIDTSVIS PPQSQILTTR RSLLSGETTA VEIAKSYLSR IRLTEPQLKC FLHVSENVLK DAQEIDQRIA 101: KGEELGPLAG VLIGVKDNIC TQGMPSTAAS RILEHYRPPF DATAVKKIKE LGGIVVGKTN MDEFGMGSTT EASAFQVTAN PWDLSRVPGG SSGGSAAAVA 201: ARQCMVSLGS DTGGSVRQPA SFCGVVGLKP TYGRVSRFGL MAYASSLDVI GCFGSTVADA GMLLHAISGY DRFDSTSSKQ DVPEFQSQFL SVDHFESKPL 301: NGVKVGIIRE TLEDGVDSGV RSATQEAASH LEALGCILTE VSLPSFSLGL PAYYVIASSE SSSNLSRYDG VRYGNQVMAE ELNKLYECSR GEGFGGEVKM 401: RILMGTYALS AGYYDAYYKR AQQVRTLIRK DFKAALEQND ILISPAAPSA AYKIGEKKDD PLAMYAGDIM TVNVNLAGLP AMVLPCGLVE GGPSGLPVGL 501: QMIGAAFDEE KLLKVGHIFE QTLKGSSFVP PLLANVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)