AT3G12670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CTP synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 2742 (emb2742); FUNCTIONS IN: CTP synthase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glutamine amidotransferase class-I, C-terminal (InterPro:IPR000991), CTP synthase (InterPro:IPR004468), CTP synthase, N-terminal (InterPro:IPR017456), Glutamine amidotransferase type 1 (InterPro:IPR017926); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CTP synthase family protein (TAIR:AT1G30820.1); Has 10841 Blast hits to 10805 proteins in 2914 species: Archae - 237; Bacteria - 5484; Metazoa - 258; Fungi - 230; Plants - 171; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4461 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4020351..4024086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64307.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 591 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKYVLVTGGV VSGLGKGVTA SSIGLLLQAC GLRVTSIKID PYLNTDAGTM SPFEHGEVFV LDDGGEVDLD LGNYERFLDS TLTRDNNITT GKIYQSVIDK 101: ERKGDYLGRT VQVVPHVTDA IQEWIERVAN VPVDGKEGPP DVCVIELGGT IGDIESMPFI EALGQFSYKV GPGNFCLVHV SLVPVLSVVG EQKTKPTQHS 201: VRGLRSLGLT PNILACRSTK ALEENVKTKL SQFCHVPEVN IVTLYDVPNI WHVPLLLRDQ KAHEAILREL NLSNAIKPDL TEWTARTKIY DTLQDPVRIA 301: MVGKYTGLTD SYLSVLKALL HASVACHKKL VIEWVAASDL EEITAQETPD VHKAAWDLLK GADGILVPGG FGDRGVQGKI LATKYARENQ VPFLGICLGM 401: QLAVVEFARS ILGFHDANST EFEPETSSPC IIFMPEGSTT HMGGTMRLGS RKTYFQVADC KSAKLYGNAK FVDERHRHRY EVNPDMISEI EKAGLSFVGK 501: DETGRRMEIV ELPSHPYFVG AQFHPEFKSR PGKPSALFLG LIAAASGCLE SVLQTGGKVN IVSKNGVANG SAMGKVHQNG NVYSNGNGLH H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)