AT2G45810.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.547 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT3G61240.2); Has 68232 Blast hits to 53527 proteins in 3291 species: Archae - 672; Bacteria - 23017; Metazoa - 14526; Fungi - 7874; Plants - 4320; Viruses - 271; Other Eukaryotes - 17552 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18859836..18862318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60424.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 528 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNNNNNNRGR FPPGIGAAGP GPDPNFQSRN PNPPQPQQYL QSRTPFPQQP QPQPPQYLQS QSDAQQYVQR GYPQQIQQQQ QLQQQQQQQQ QQQEQQWSRR 101: AQLPGDPSYI DEVEKTVQSE AISDSNNEDW KATLKLPPRD NRYQTEDVTA TKGNEFEDYF LKRDLLRGIY EKGFEKPSPI QEESIPIALT GSDILARAKN 201: GTGKTGAFCI PTLEKIDPEN NVIQAVILVP TRELALQTSQ VCKELSKYLK IEVMVTTGGT SLRDDIMRLY QPVHLLVGTP GRILDLAKKG VCVLKDCAML 301: VMDEADKLLS VEFQPSIEEL IQFLPESRQI LMFSATFPVT VKSFKDRYLK KPYIINLMDQ LTLMGVTQYY AFVEERQKVH CLNTLFSKLQ INQSIIFCNS 401: VNRVELLAKK ITELGYSCFY IHAKMVQDHR NRVFHDFRNG ACRNLVCTDL FTRGIDIQAV NVVINFDFPR TSESYLHRVG RSGRFGHLGL AVNLVTYEDR 501: FKMYQTEQEL GTEIKPIPSL IDKAIYCQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)