AT2G43210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.707 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ubiquitin-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UBX (InterPro:IPR001012); Has 1416 Blast hits to 1005 proteins in 245 species: Archae - 0; Bacteria - 142; Metazoa - 386; Fungi - 259; Plants - 165; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 447 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17960942..17963560 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 57101.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEALSSLTFK GSLPEAIFEA KGKKKLFVVY ISGEDEESDK LNRLTWTDAS VADSLSKYCI LVHIQAGSVD ATNFSAIYPY SSVPCIAAIG FSGTQVWRTE 101: GFITAEDLAS SLEKAWLGLH IQETTASIFS AALASQNSET PVSSASSVVL PPGSVPLDAA VASPSTASSV QPSETKSTVT SASTTENNDG TVAVKGKESA 201: EPSNLCDTTK NQPAPSVDGT KANVEHEATE TPLRVQAEKE PIRPTAPGTN DNTSRVRSSV DRKRKQGTVI NEEDSGVGVS GRDINLTKSV DTKETMKPKD 301: EGGEEEDGEK SKKASDVHLN IRLPDGSSLQ EKFSVTSILR MVKDYVNSNQ TIGLGAYDLA VPYPRKVYTD QDLDKSLSEL RLFDRQALVV VPRKRATVYQ 401: RGTSYSESNN NTDPNSGGYF AYVRRVLSYA NPFSYFGGGT ANASSSVPER QTRPNTEVRN NLGQVGTSFQ DPSEGRSNVR NRRPTTSRIG SNIHTLNHNE 501: DEAPFGDGNA FWNGNSTQYG GGSGGDSNDR R |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)