AT2G38020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vacuoleless1 (VCL1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
necessary for proper vacuole formation and morphogenesis in Arabidopsis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VACUOLELESS 1 (VCL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), Vps16, N-terminal (InterPro:IPR006926), Vacuolar protein sorting-associated protein 16 (InterPro:IPR016534), Vps16, C-terminal (InterPro:IPR006925); Has 461 Blast hits to 410 proteins in 195 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 145; Fungi - 140; Plants - 46; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 130 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15910098..15914190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96637.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 858 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANVSVAAEW QLLYDRYYRK PEIYQMKWKH VDLSRNKVAC ASFGGPIAVI RDDSKIVQLY AESALRKLRI FNSAGILLSE TVWKHPGGRL IGMSWSDDQT 101: LICIVQDGTI YRYNIHAELI EPNMSMGQEC FEQNVVECVF WGNGVVCLTE GGQLICIFDF KTMKPSKLPD VPGLAEDDLL QPICLTVREP KYTMSGIAEV 201: LVAVGDDIFV VEEDMVQTIR FDEPSVDDSE MQNDDSGNLI GVVQKMIVSP NGKFLTLFTH DGRIVVVDME TKQIAIDYSC ESALPPQQMA WCGMDSVLLY 301: WDEDLMMVGP VGDPVHYFYD EPIILIPECD GVRILSNTNL EFLQRVPDST ESIFKIGSTS PAALLYDALD HFDRRSAKAD ENLRLIRSSL SEAVESCIDA 401: AGHEFDVTRQ RALLRAASYG QAFCSNFQRE RVQETCRTLR VLNAVRDPAI GIPLSIQQYK LLTPVVLISR LINANCHLLA LRISEYLDMN KEVVIMHWAC 501: AKITASPSTP DSHLLEILLD KLQLCKGISY AAVATHADNC GRRKLAAMLV EHEPRSTKQV PLLLSIGEED TALVKATESG DTDLVYLVIF HIWQKRPPLE 601: FFAMIQGRVL ARDLFVAYAR CHKHEFLKDF FLSTGQIHEV AFLLWKESWD MGKNPMASKG SPLHGPRIKL IEKARNLFSQ TKEHTFESKA AEEHAKLLKI 701: QHELEASTKQ AIFVDSSIND TIRTCIVLGN NRAAIKVKTE FKVSDKRWYW LKAFALATIK DWAALEKFSK EKRPPMGFRP FVEACIDADE KAEALKYIPK 801: LSDLVERGEA YARIGMAKEA ADCAAQANDG GELLERFRKT FVQNAIFDTL LMPFQGAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)