AT2G29550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubulin beta-7 chain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a beta-tubulin that is expressed in leaves, roots and flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubulin beta-7 chain (TUB7); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton; INVOLVED IN: response to cadmium ion, microtubule-based process, response to salt stress; LOCATED IN: tubulin complex, cell wall, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta tubulin (InterPro:IPR002453), Tubulin (InterPro:IPR000217), Tubulin/FtsZ, GTPase domain (InterPro:IPR003008), Tubulin/FtsZ, N-terminal (InterPro:IPR019746), Tubulin/FtsZ, C-terminal (InterPro:IPR008280), Beta tubulin, autoregulation binding site (InterPro:IPR013838), Tubulin, conserved site (InterPro:IPR017975), Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain (InterPro:IPR018316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin beta chain 3 (TAIR:AT5G62700.1); Has 23671 Blast hits to 23575 proteins in 4891 species: Archae - 35; Bacteria - 44; Metazoa - 4475; Fungi - 14216; Plants - 1547; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3354 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12644258..12645932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50749.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MREILHIQGG QCGNQIGSKF WEVVNLEHGI DQTGRYVGDS ELQLERVNVY YNEASCGRYV PRAVLMDLEP GTMDSVRSGP YGQIFRPDNF VFGQSGAGNN 101: WAKGHYTEGA ELIDSVLDVV RKEAENCDCL QGFQVCHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRMMMTFSVF PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENADECM 201: VLDNEALYDI CFRTLKLSTP SFGDLNHLIS ATMSGVTCCL RFPGQLNSDL RKLAVNLIPF PRLHFFMVGF APLTSRGSQQ YRNLTVPELT QQMWDAKNMM 301: CAADPRHGRY LTASAMFRGK MSTKEVDEQM LNVQNKNSSY FVEWIPNNVK STVCDIPPTG LKMASTFIGN STSIQEMFRR VSEQFTAMFR RKAFLHWYTG 401: EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA DEEGEYEEEE AEYEQEETY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)