AT2G22980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 13 (SCPL13); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 11 (TAIR:AT2G22970.1); Has 4004 Blast hits to 3927 proteins in 473 species: Archae - 0; Bacteria - 512; Metazoa - 640; Fungi - 845; Plants - 1555; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 452 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9779029..9783078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49153.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 430 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLTLEFLLL LIVLILSHHA HSGSIVKFLP GFEGPLPFEL ETGYIGIGEE EEVQLFYYFI KSEKNPEEDP LLLWLSGGPG CSSLTGLLFE NGPVALKFEV 101: YNGSVPSLVS TTYSWTKMAN IIFLDQPVGS GFSYSRTPLV DKISDTGEVK RIYEFLQKWL SKHQQFFSNP FYVGGDSYSG MIVPPLVQEI GKGNYQINLQ 201: GYILGNPITD TESEQNYQIP YAHGMALISD ELYKSMERIC KGNYVKVDSL NTKCYKLIKD YQKCIHKLNK YHILLPDCDI TSPDCFLYRY TLITFWANNK 301: SVREALQVNK GSIGKWVQCN YKNISYNYDI KSSVAYHMKN SIDGYRSLIY NGDHDMMVPF LATQAWIRSL NYSITDDWKP WMINDQIAGY TRSYSNKMTF 401: ATIKGSGHTA EYKPKETSIM FKRWISAQPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)