AT2G22830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : squalene epoxidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
squalene epoxidase 2 (SQE2); FUNCTIONS IN: squalene monooxygenase activity, electron carrier activity, oxidoreductase activity, FAD binding; INVOLVED IN: sterol biosynthetic process; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Squalene epoxidase (InterPro:IPR013698), Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein, N-terminal (InterPro:IPR003953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: squalene epoxidase 3 (TAIR:AT4G37760.1); Has 2838 Blast hits to 2834 proteins in 830 species: Archae - 46; Bacteria - 1617; Metazoa - 134; Fungi - 223; Plants - 197; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 621 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9723947..9726270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64796.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 585 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKPFVIRNLP RFQSTLRSSL LYTNHRPSSR FSLSTRRFTT GATYIRRWKA TAAQTLKLSA VNSTVMMKPA KIALDQFIAS LFTFLLLYIL RRSSNKNKKN 101: RGLVVSQNDT VSKNLETEVD SGTDVIIVGA GVAGSALAHT LGKEGRRVHV IERDFSEQDR IVGELLQPGG YLKLIELGLE DCVKKIDAQR VLGYVLFKDG 201: KHTKLAYPLE TFDSDVAGRS FHNGRFVQRM REKALTLSNV RLEQGTVTSL LEEHGTIKGV RYRTKEGNEF RSFAPLTIVC DGCFSNLRRS LCKPKVDVPS 301: TFVGLVLENC ELPFANHGHV VLGDPSPILM YPISSSEVRC LVDVPGQKLP PIANGEMAKY LKTRVAPQVP TKVREAFITA VEKGNIRTMP NRSMPADPIP 401: TPGALLLGDA FNMRHPLTGG GMTVALADIV VLRDLLRPIR NLNDKEALSK YIESFYTLRK PVASTINTLA DALYKVFLAS SDEARTEMRE ACFDYLSLGG 501: VFSSGPVALL SGLNPRPLSL VLHFFAVAIY AVCRLMLPFP SIESFWLGAR IISSASSIIF PIIKAEGVRQ MFFPRTIPAI YRAPP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)