AT2G07050.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:golgi 0.994 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cycloartenol synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in the biosynthesis of brassinosteroids. Catalyzes the reaction from epoxysqualene to cycloartenol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cycloartenol synthase 1 (CAS1); FUNCTIONS IN: cycloartenol synthase activity; INVOLVED IN: pentacyclic triterpenoid biosynthetic process, thylakoid membrane organization, pollen development; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, conserved site (InterPro:IPR002365), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Squalene cyclase (InterPro:IPR018333), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lanosterol synthase 1 (TAIR:AT3G45130.1); Has 2063 Blast hits to 1929 proteins in 563 species: Archae - 2; Bacteria - 902; Metazoa - 86; Fungi - 243; Plants - 616; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 214 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:2924629..2930295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86037.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 759 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWKLKIAEGG SPWLRTTNNH VGRQFWEFDP NLGTPEDLAA VEEARKSFSD NRFVQKHSAD LLMRLQFSRE NLISPVLPQV KIEDTDDVTE EMVETTLKRG 101: LDFYSTIQAH DGHWPGDYGG PMFLLPGLII TLSITGALNT VLSEQHKQEM RRYLYNHQNE DGGWGLHIEG PSTMFGSVLN YVTLRLLGEG PNDGDGDMEK 201: GRDWILNHGG ATNITSWGKM WLSVLGAFEW SGNNPLPPEI WLLPYFLPIH PGRMWCHCRM VYLPMSYLYG KRFVGPITST VLSLRKELFT VPYHEVNWNE 301: ARNLCAKEDL YYPHPLVQDI LWASLHKIVE PVLMRWPGAN LREKAIRTAI EHIHYEDENT RYICIGPVNK VLNMLCCWVE DPNSEAFKLH LPRIHDFLWL 401: AEDGMKMQGY NGSQLWDTGF AIQAILATNL VEEYGPVLEK AHSFVKNSQV LEDCPGDLNY WYRHISKGAW PFSTADHGWP ISDCTAEGLK AALLLSKVPK 501: AIVGEPIDAK RLYEAVNVII SLQNADGGLA TYELTRSYPW LELINPAETF GDIVIDYPYV ECTSAAIQAL ISFRKLYPGH RKKEVDECIE KAVKFIESIQ 601: AADGSWYGSW AVCFTYGTWF GVKGLVAVGK TLKNSPHVAK ACEFLLSKQQ PSGGWGESYL SCQDKVYSNL DGNRSHVVNT AWAMLALIGA GQAEVDRKPL 701: HRAARYLINA QMENGDFPQQ EIMGVFNRNC MITYAAYRNI FPIWALGEYR CQVLLQQGE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)