AT1G72730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, nucleic acid binding, ATP-dependent helicase activity, ATP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cytosol, plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: eukaryotic translation initiation factor 4A1 (TAIR:AT3G13920.1); Has 48726 Blast hits to 48144 proteins in 3104 species: Archae - 749; Bacteria - 26664; Metazoa - 6044; Fungi - 4769; Plants - 2616; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 7867 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27378040..27379593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46773.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 414 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGMASDGTQ YDPRQFDTKM NAILGEEGEE TFYTNYDEVC DSFDAMELQP DLLRGIYAYG FEKPSAIQQR GIIPFCKGLD VIQQAQSGTG KTATFCSGVL 101: QQLDISLVQC QALVLAPTRE LAQQIEKVMR ALGDYLGVKA QACVGGTSVR EDQRVLQSGV HVVVGTPGRV FDLLRRQSLR ADAIKMFVLD EADEMLSRGF 201: KDQIYDIFQL LPSKVQVGVF SATMPPEALE ITRKFMNKPV RILVKRDELT LEGIKQFYVN VDKEEWKLET LCDLYETLAI TQSVIFVNTR RKVDWLTDKM 301: RSRDHTVSAT HGDMDQNTRD IIMREFRSGS SRVLITTDLL ARGIDVQQVS LVINFDLPTQ PENYLHRIGR SGRFGRKGVA INFMTSEDER MMADIQRFYN 401: VVVEELPSNV ADLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)