AT1G68010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hydroxypyruvate reductase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes hydroxypyruvate reductase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
hydroxypyruvate reductase (HPR); FUNCTIONS IN: glycerate dehydrogenase activity, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: photorespiration; LOCATED IN: apoplast, chloroplast, peroxisome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR006139), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006140), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (TAIR:AT3G19480.1); Has 27648 Blast hits to 27644 proteins in 2724 species: Archae - 466; Bacteria - 17022; Metazoa - 727; Fungi - 1147; Plants - 556; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 7725 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25493418..25495720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42250.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKPVSIEVY NPNGKYRVVS TKPMPGTRWI NLLVDQGCRV EICHLKKTIL SVEDIIDLIG DKCDGVIGQL TEDWGETLFS ALSKAGGKAF SNMAVGYNNV 101: DVEAANKYGI AVGNTPGVLT ETTAELAASL SLAAARRIVE ADEFMRGGLY EGWLPHLFVG NLLKGQTVGV IGAGRIGSAY ARMMVEGFKM NLIYFDLYQS 201: TRLEKFVTAY GQFLKANGEQ PVTWKRASSM EEVLREADLI SLHPVLDKTT YHLVNKERLA MMKKEAILVN CSRGPVIDEA ALVEHLKENP MFRVGLDVFE 301: EEPFMKPGLA DTKNAIVVPH IASASKWTRE GMATLAALNV LGRVKGYPIW HDPNRVDPFL NENASPPNAS PSIVNSKALG LPVSKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)