AT1G67740.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem II BY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
PsbY precursor (psbY) mRNA. This single nuclear gene is imported into the chloroplasts where it is processed into two integral membrane proteins with identical topology (PsbY-1 and PsbY-2). The protein appears to bind manganese but its role is not well understood. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
photosystem II BY (PSBY); FUNCTIONS IN: manganese ion binding; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: chloroplast stromal thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast photosystem II, photosystem II; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II protein PsbY (InterPro:IPR009388); Has 135 Blast hits to 91 proteins in 24 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 133; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:25394429..25394998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19465.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 189 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAAMATATK CMSLNPSPPK LQNQTKSKPF ISLPTPPKPN VSLAVTSTAL AGAVFSSLSY SEPALAIQQI AQLAAANASS DNRGLALLLP IVPAIAWVLY 101: NILQPAINQV NKMRESKGIV VGLGIGGGLA ASGLLTPPPE AYAAAEAAAA SSDSRGQLLL IVVTPALLWV LYNILQPALN QINKMRSGD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)