AT1G62430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.970 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CDP-diacylglycerol synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a CDP-diacylglycerol synthase, involved in phospholipid biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CDP-diacylglycerol synthase 1 (CDS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidate cytidylyltransferase (InterPro:IPR000374), Phosphatidate cytidylyltransferase, eukaryota (InterPro:IPR016720); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytidinediphosphate diacylglycerol synthase 2 (TAIR:AT4G22340.1); Has 7098 Blast hits to 7086 proteins in 2534 species: Archae - 0; Bacteria - 4982; Metazoa - 186; Fungi - 135; Plants - 138; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1657 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23106274..23108923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48662.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEENVTSSP STPVHRLRHR RRSNEVVTDG DKVNASPLLV NDRNKYKSFM VRTYSTLWMI GGFVLVVYMG HLYITAMVVV IQIFMAKELF NLLRKAPEDK 101: CLPYIKQLNW HFFFTAMLFV YGRILSQRLA NTMTADQFFY RLVSGLIKYH MAICYLLYII GFMWFILTLK KKMYKYQFGQ YAWTHMILIV VFTQSSFTVA 201: NIFEGIFWFL LPASLIIIND IFAYIFGFFF GRTPLIKLSP KKTWEGFIGA SVTTIISAFV LANILGRFPW LTCPRQDLST GWLQCDADPL FKPEPFALPA 301: WIPEWFPWKE MTILPVQWHA LCLGLFASII APFGGFFASG FKRAFKIKDF GDSIPGHGGI TDRMDCQMVM AVFAYIYLQS FIVSQSVSVD KILDQILTNL 401: TFEEQQALFV KLGQMLKDKL S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)