AT1G56340.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : calreticulin 1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of three Arabidopsis calreticulins. In CRT-deficient mouse fibroblasts, this protein restores ER Ca2+ levels. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calreticulin 1a (CRT1a); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cadmium ion, response to salt stress, calcium ion homeostasis; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, plasma membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calreticulin/calnexin, P (InterPro:IPR009033), Calreticulin/calnexin (InterPro:IPR001580), Calreticulin/calnexin, conserved site (InterPro:IPR018124), Calreticulin (InterPro:IPR009169), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calreticulin 1b (TAIR:AT1G09210.1); Has 12789 Blast hits to 7186 proteins in 689 species: Archae - 27; Bacteria - 946; Metazoa - 4832; Fungi - 1301; Plants - 669; Viruses - 333; Other Eukaryotes - 4681 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21090059..21092630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48529.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 425 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKLNPKFIS LILFALVVIV SAEVIFEEKF EDGWEKRWVK SDWKKDDNTA GEWKHTAGNW SGDANDKGIQ TSEDYRFYAI SAEFPEFSNK DKTLVFQFSV 101: KHEQKLDCGG GYMKLLSDDV DQTKFGGDTP YSIMFGPDIC GYSTKKVHAI LTYNGTNHLI KKEVPCETDQ LTHVYTFVLR PDATYSILID NVEKQTGSLY 201: SDWDLLPAKK IKDPSAKKPE DWDDKEYIPD PEDTKPAGYD DIPKEIPDTD AKKPEDWDDE EDGEWTAPTI PNPEYNGEWK PKKIKNPAYK GKWKAPMIDN 301: PEFKDDPELY VFPKLKYVGV ELWQVKSGSL FDNVLVSDDP EYAKKLAEET WGKHKDAEKA AFDEAEKKRE EEESKDAPAE SDAEEEAEDD DNEGDDSDNE 401: SKSEETKEAE ETKEAEETDA AHDEL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)