AT1G50250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FTSH protease 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an FTSH protease that is localized to the chloroplast. Involved in the D1 repair cycle of Photosystem II. FtsH1 and FtsH5 are interchangeable in thylakoid membranes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FTSH protease 1 (FTSH1); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, protein binding, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity; INVOLVED IN: photosystem II repair, PSII associated light-harvesting complex II catabolic process; LOCATED IN: thylakoid lumen, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FtsH extracellular protease family (TAIR:AT5G42270.1); Has 39789 Blast hits to 37355 proteins in 3308 species: Archae - 1512; Bacteria - 16133; Metazoa - 4957; Fungi - 3666; Plants - 3305; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 10182 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:18614398..18616930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76763.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 716 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNSLLRSS SNFFLGSHII ISSPTPKTTR KPSFPFSFVS RAKYQITRSS QDENSPNGKP NSPFSSQVAL AAILLSSISS SPLALAVVDE PASPSVVIES 101: QAVKPSTPSP LFIQNEILKA PSPKSSDLPE GSQWRYSEFL NAVKKGKVER VRFSKDGSVV QLTAVDNRRA SVIVPNDPDL IDILAMNGVD ISVSEGESSG 201: NDLFTVIGNL IFPLLAFGGL FLLFRRAQGG PGGGPGGLGG PMDFGRSKSK FQEVPETGVS FADVAGADQA KLELQEVVDF LKNPDKYTAL GAKIPKGCLL 301: VGPPGTGKTL LARAVAGEAG VPFFSCAASE FVELFVGVGA SRVRDLFEKA KSKAPCIVFI DEIDAVGRQR GAGMGGGNDE REQTINQLLT EMDGFSGNSG 401: VIVLAATNRP DVLDSALLRP GRFDRQVTVD RPDVAGRVKI LQVHSRGKAL GKDVDFDKVA RRTPGFTGAD LQNLMNEAAI LAARRELKEI SKDEISDALE 501: RIIAGPEKKN AVVSEEKKRL VAYHEAGHAL VGALMPEYDP VAKISIIPRG QAGGLTFFAP SEERLESGLY SRSYLENQMA VALGGRVAEE VIFGDENVTT 601: GASNDFMQVS RVARQMIERF GFSKKIGQVA VGGPGGNPFM GQQMSSQKDY SMATADIVDA EVRELVEKAY KRATEIITTH IDILHKLAQL LIEKETVDGE 701: EFMSLFIDGQ AELYIS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)