AT1G33980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Smg-4/UPF3 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in mRNA surveillance, detects exported mRNAs with truncated open reading frames and initiates nonsense-mediated mRNA decay (NMD) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UPF3; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; INVOLVED IN: nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Regulator of nonsense-mediated decay, UPF3 (InterPro:IPR005120); Has 779 Blast hits to 748 proteins in 191 species: Archae - 0; Bacteria - 17; Metazoa - 416; Fungi - 147; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 126 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:12351719..12354401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53806.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKEPLQKKKV VVRHLPPSLS QSDLLSQIDP RFADRYNWVS FRPGKSSYKN QKYSRAYVSF KAPEDVYEFA AFFNGHVFVN EKGAQFKAIV EYAPSQRVPK 101: PSDKKDPREG SISKDPDYLE FLKVIAQPVE NLPSAEIQLE RREAEQSGAS KAAPIVTPLM EFIRQKRATV MGPQGLSDIR RGGRRTRVVS ANKPSPRPSK 201: RNSEKKKYVE KESSKNVPRK TTADVSSSKP DYRQSNSSGK ELPGNETAAI IDSSPPGIAL TMDSGKKKIL LLRSKDRDNP DNPPPQPEQH IDTNLSRNST 301: DSRQNQKSDV GGRLIKGILL RNDSRPSQSS TFVQSEQRVE PSEAENYKRP SRPANTRAGK DYHTSGTISE KQERRTRNKD RPDRVMWAPR RDGSEDQPLS 401: SAGNNGEVKD RMFSQRSGEV VNSSGGHTLE NGSARHSSRR VGGRNRKEEV VIGEGKTSRR GSGGGPSSHE KQMWIQKPSS GT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)