AT1G31180.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : isopropylmalate dehydrogenase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The AtIMD3 is one out of 3 genes encoding the enzyme 3-isopropylmalate dehydrogenase involved in leucine biosynthesis in Arabidopsis. Its subcellular location has been targeted to plastids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopropylmalate dehydrogenase 3 (IMD3); FUNCTIONS IN: 3-isopropylmalate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process, response to salt stress, metabolic process; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast, chloroplast stroma, plastid; EXPRESSED IN: fruit, root, leaf; EXPRESSED DURING: seed development stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR004429), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopropylmalate dehydrogenase 1 (TAIR:AT5G14200.1); Has 15253 Blast hits to 15253 proteins in 2616 species: Archae - 395; Bacteria - 8280; Metazoa - 576; Fungi - 831; Plants - 243; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4928 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:11142843..11144617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43850.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 404 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAFLQTNIR LEIIPGRYSS LTDHKFRAPY RIRCAAASPV KKRYNITLLP GDGIGPEVIS VAKNVLQKAG FLQGLEFDFQ EMPFGGAALD LVGVPLPEET 101: STAAKQSDAI LLGAIGGYKW DKNEKHLRPE MGLLNIRRDL NVFANLRPAT VLPQLVDAST LKKEVAQGVD MMIVRELTGG IYFGEPRGIT INENGEEVGF 201: NTEIYAAHEI DRIARVAFET ARKRRGKLCS VDKANVLDAS ILWRKRVTAL ASEYPDVELS HMYVDNAAMQ LVRDPKQFDT IVTNNIFGDI LSDEASMITG 301: SIGMLPSASL GESGPGLFEP IHGSAPDIAG QDKANPLATI LSAAMLLKYG LGEEKAAKMI EDAVVDALNK GFRTGDIYSP GNKLVGCKEM GEEVLKSVDS 401: KVPV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)