AT1G26110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : decapping 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes Decapping 5, required for mRNA decapping, P-body formation and translational repression during postembryonic development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
decapping 5 (DCP5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DFDF motif (InterPro:IPR019050), FFD/TFG box motif (InterPro:IPR019053); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: decapping 5-like (TAIR:AT5G45330.1); Has 46741 Blast hits to 20189 proteins in 1086 species: Archae - 36; Bacteria - 10029; Metazoa - 17132; Fungi - 5632; Plants - 6968; Viruses - 649; Other Eukaryotes - 6295 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9024616..9027556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64373.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 611 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAADNTGSKS SSAADSYVGS LISLTSKSEI RYEGILYNIN TDESSIGLQN VRSFGTEGRK KDGPQVPPSD KVYEYILFRG TDIKDLQVKA SPPVQPPAST 101: INNDPAIIQS HYPSPMPTSG SLPSTASGSL PDISSHNGQP GQHGMGFQNA MPLYQPGGNL GSWGASPQPP MYWQGFYTPP PNGLPQLHQQ SLIRPPHGLP 201: MPNSLQQPLQ YPNFNTPPPP TGSSSLQGSS LPEAPSSLFP FSTSSQMLAP SSLPFPGLPP VTLSSSLQST LQSAPSPSLA SEMAPPLLSN KAPITAPPTL 301: PQDTNLLSFS LSTTRATEAS TGLPLSNKPS VVTGPISPPQ TTPLTSAPVA GVSSSISQDK PKPLLVTPGQ LLQSGSSAVS LSPPSTNADK DVEVVQVSSS 401: AGLEQSVPVT SEAQPPILPL PSSARPTQKP NGHSFPNHNG YRGRGRGRGR GAGRSHQVMK FTEDFDFTAM NEKFNKDEVW GHLGKSTTLD GDEDDDSPTV 501: DEAELPKIEA KPVYNKDDFF DSLSSNTIDR ESQNSRPRFS EQRKLDTETF GEFSRFRGGR GGRGGYGRNN GYSRGGYGGR GYGGYGGRGG GGGGYGYGGR 601: GQGRGVSNRT T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)